Уже в середине XIX века в Японии начался постепенный кризис традиционных религий. Синтоизм и буддизм перестают отвечать насущным религиозным потребностям многих (особенно молодых) японцев. Поэтому на сцену начали выходить разнообразные "новые секты" разной степени радикализма. Для них характерны безусловный культ Учителей - руководителей сект, упрощение богослужения и вероучения, готовность верующих отдать всё, что у них есть (включая жизнь), на благо секты, фанатизм, нетерпимость к другим сектам и религиям, вера в скорый Конец Света.
Наиболее известной сейчас такой сектой является Аум Синрикё, основанная Сёко Асахарой. Впрочем, обычно секты не занимаются терроризмом и не особенно мешают жить тем, кто в них не входит.

В отличие от культур стран Запада, в культуре Японии наблюдается значительное пересечение и взаимовлияние всех её религий. Несмотря на периодически вспыхивавшие религиозные конфликты и споры (обычно за близость к государственной власти), большую часть времени этим вероучениям приходилось сосуществовать. Особенно близко пересечение буддизма и синтоизма - как уже отмечалось, часто один храм является местом поклонения и буддам, и ками.
В течение жизни японцы часто отправляют обряды разных религий в разных жизненных ситуациях. Скажем, женятся по христианскому обряду, а хоронят по буддийскому. Это совершенно естественно и не вызывает никаких трудностей. Связано это именно с тем, что религия прежде всего ассоциируется с определенной обрядностью (разного характера, эстетики и стоимости), и японцы просто проявляют завидную практичность. Цель же всех вероучений полагается одинаковой - снятие жизненных осложнений, а потому и противоречий не возникает.