Христианство в Японию привез в 1549 году вместе с католическими миссионерами Франсиско Ксавье. Знаменитый японский военачальник и князь Ода Нобунага поддержал христиан и сам принял эту веру, так как нашёл в них материальную опору (поставки огнестрельного оружия) для борьбы со своими врагами.
Hо после его смерти новый сегун Тоётоми Хидэёси запретил христианство, как как оно разрушало традиционную кастовую систему. После смерти Хидэёси сегун Токугава Иеясу решил полностью расправиться с христианами. Многие их них были убиты. Hо проповедники продолжали приезжать из Европы, и христиане не раз восставали против власти сегуната. В конце концов, третий сёгун Токугава Иемицу в 1638 году решил закрыть страну и христианство было запрещено до Реставрации Мэйдзи в 1867 году, когда была объявлена свобода совести.
Когда в 1867 году пал сёгунат Эдо, была провозглашена свобода совести.
Hо во время Второй Мировой христиан считали американскими шпионами, и снова начались их преследования. Только в 1945 году христианство вернуло себе все положенные ему права.
В настоящее время около одного процента населения Японии считают себя христианами. Тем не менее, такой атрибут христианства как "венчание" становится сейчас все более и более популярен, так как оказывается намного дешевле свадьбы по традиционному обряду. Многих из участвующих в христианских обрядах привлекает не религиозная, а эстетическая сторона богослужения. Поэтому неожиданно значительной популярностью в Японии пользуется православие.